La bandera de Guayanilla ostenta los principales colores del escudo. Consta de tres franjas horizontales de igual anchura; blanca la superior, amarilla la central y verde la inferior.
Significado de los colores
Blanco - Pureza. Recuerda que la patrona del pueblo es la Inmaculada Concepción.
Amarillo - Símbolo del temperamento con que los habitantes afrontaron a los ataques de las naciones enemigas de España.
Verde - La esperanza que albergaron los guayanillenses al depender de la agricultura sembrando en los valles de caña de azúcar.
